SELAIN TNI dan Polri, badan intelijen merupakan salah satu alat negara, bukan alat pemerintah atau alat dari rezim tertentu yang sedang berkuasa. Namun dalam kenyataannya, terutama selama rezim Orde Baru berkuasa, badan intelijen lebih terkesan sebagai alat penguasa.
Badan intelijen yang dimiliki negara RI, tidak saja BIN (Badan Intelijen Negara), tetapi ada badan-badan intelijen di bawah kendali TNI, Polri, dan bahkan lembaga sipil lainnya. Pimpinan badan intelijen di tubuh TNI dan Polri, tentu saja dijabat oleh perwira-perwira TNI dan Polri yang masih aktif. Sedangkan badan intelijen di luar TNI-Polri seperti BIN, mengapa lebih sering dijabat oleh para perwira TNI atau purnawirawan TNI.